藉由呼叫 notify()，無法指定要喚醒哪一項執行緒。

範例 1：在下列程式碼中，notifyJob() 呼叫 notify()。

public synchronized notifyJob() {
flag = true;
notify();
}
...
public synchronized waitForSomething() {
while(!flag) {
    try {
        wait();
    }
    catch (InterruptedException e)
    {
        ...
    }
}
...
}

在此案例中，開發者想要喚醒呼叫 wait() 的執行緒，但 notify() 可能會通知不同的執行緒，而不是預期中的執行緒。

在絕大多數的情況下，直接呼叫 Thread 物件的 run() 方法是一個錯誤 (bug)。程式設計師打算開始新的執行緒控制，卻意外呼叫了 run()，而不是 start()，因此 run() 方法將在呼叫者的執行緒控制中執行。

範例 1：以下引用自 Java 程式的程式碼錯誤地呼叫了 run() 方法，而未呼叫 start()。

    Thread thr = new Thread() {
      public void run() {
        ...
      }
    };

  thr.run();

在絕大多數的情況下，直接呼叫 Thread 物件的 stop() 方法是一個錯誤 (bug)。程式設計師打算阻止執行緒執行，但是沒有注意到這不是停止執行緒的適當方式。Thread 內的 stop() 函數會在 Thread 物件內的任何位置造成 ThreadDeath 異常，這很可能讓物件處於不一致的狀態，並且可能使資源洩漏。由於此 API 本質上就不安全，因此很久之前，就不推薦使用。

範例 1：以下摘錄自 Java 程式的內容會錯誤呼叫 Thread.stop()。

  ...
  public static void main(String[] args){
    ...
    Thread thr = new Thread() {
      public void run() {
        ...
      }
    };
    ...
    thr.start();
    ...
    thr.stop();
    ...
  }

程式設計師原本似乎想要為此類別執行 Cloneable 介面，因為它執行了名為 clone() 的方法。但是，此類別沒有執行 Cloneable 介面，且 clone() 方法將不會正確運作。

範例 1：為此類別呼叫 clone() 方法將導致 CloneNotSupportedException.

public class Kibitzer {
  public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
    ...
  }
}

ICloneable 介面不能保證可進行深層的複製。當對執行該介面的類別進行複製時，可能得不到預期的結果。這是因為這些類別雖然執行 ICloneable，但只執行淺層複製 (只複製物件，不包含現有參照的其他物件)，這可能會導致非預期的結果。因為深層複製 (複製物件以及其所有參照的物件) 是一般預設的複製方法，為了避免錯誤的發生，應該避開使用 ICloneable 介面。

當 clone() 函數呼叫可取代的函數時，可能會造成複製品保留在部分初始化的狀態，或是損毀。

範例 1：以下 clone() 函數所呼叫的方法可被取代。

  ...
  class User implements Cloneable {
    private String username;
    private boolean valid;
    public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
      final User clone = (User) super.clone();
      clone.doSomething();
      return clone;
    }
    public void doSomething(){
      ...
    }
  }

由於 doSomething() 函數及其封裝類別不是 final，這表示可以取代函數，進而可能使複製的物件 clone 保留在部分初始化的狀態，如果未以非預期的方式修改邏輯，可能會導致錯誤。

在處理方塊化原始物件並進行相等比較時，應該呼叫方塊化原始物件的 equals() 方法，而不是 == 和 != 運算子。Java 規格載明有關方塊化轉換的資訊：

"如果將要方塊化的值 p 是類型為 int 並且是 -128 到 127 (含) 之間的整數常值，或為 true 或 false 的 Boolean 常值，或是「\u0000」到「\u007f」(含) 之間的字元常值，則會使 a 和 b 成為 p 之任何兩個方塊化轉換的結果。永遠會是 a == b 的情況。"

這表示，如果使用方塊化原始物件 (而不是 Boolean 或 Byte)，則只會快取或記住某個範圍的值。對於值子集，使用 == 或 != 將會傳回正確的值，對於此子集之外的所有其他值，這會傳回物件位址的比較結果。

範例 1：以下範例對方塊化原始物件使用相等運算子。

  ...
  Integer mask0 = 100;
  Integer mask1 = 100;
  ...
  if (file0.readWriteAllPerms){
    mask0 = 777;
  }
  if (file1.readWriteAllPerms){
    mask1 = 777;
  }
  ...
  if (mask0 == mask1){
    //assume file0 and file1 have same permissions
    ...
  }
  ...

Example 1 中的程式碼使用 Integer 方塊化原始物件，來嘗試比較兩個 int 值。如果 mask0 和 mask1 同時等於 100，則 mask0 == mask1 將會傳回 true。但是，現在當 mask0 和 mask1 都等於 777 時，mask0 == maske1 將會傳回 false，因為這些值不在這些方塊化原始物件的快取值範圍內。